対価が株式のみの非適格合併だったため源泉徴収等の手続きは考慮しなかった

A社は子会社・関係会社を複数抱える建設関連の株式会社です。先般、意思決定の迅速化の観点から、広告業を営むB社(A社の出資比率50%)を吸収合併することとなり、合併対価として、A社の新株を予定していました。A社とB社とでは事業に関連性がなく、非適格合併に該当するとの認識があり、非適格合併により金銭等を交付する場合には、そのうち一部が配当とみなされ、源泉徴収義務が生じるとの認識はありました。しかし、本件の場合、対価は株式のみであり金銭の交付は行わないことから、源泉徴収等の手続きは考慮しておりませんでした。
合併の方向性が定まった後、コンサルタント契約を結んでいた税理士に相談したところ、交付する新株の価額が、B社の資本金等の額を上回るため、対価が株式のみであっても源泉徴収義務は免れられない旨の指摘を受け、計画の一部練り直しが必要となってしまいました。

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対価が株式のみの非適格合併だったため源泉徴収等の手続きは考慮しなかった
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