店舗買収にかかった費用全額を課税仕入れとした

私は、飲食店業を営む会社の社長をしています。現在2店舗のもつ鍋店を運営しており、2店舗とも業績は好調ですが、季節による影響が大きいので、3店舗目はもつ鍋店ではないお店を出店したいと考えていました。
ちょうどそんな折に、居酒屋を営むA氏がお店の売却を検討しているという情報を得ました。A氏の店舗は駅近くの立地条件の非常に良い場所にある居酒屋で、現在も業績は好調ですが、A氏が高齢であるため、居酒屋の営業に係る営業権、土地、建物及び債権債務の一切を含めて売却したいとのことでした。
A氏の提示価格は下記の金額で、大きな出費ではありましたが、立地条件の良さなどを考えると安いと考え、購入することにしました。内容は次の通りです。

居酒屋の事業そのものを購入したので、消費税については支払った金額を全額課税仕入れとして処理しました。
決算をむかえ、税理士にこの件を報告したところ、「店舗買収については、全額が課税仕入れになる訳ではありません」と指摘されました。

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